“僅僅是形式上講鐵道部并入交通運輸部，并不能解決鐵道部自身存在的一些問題，尤其是最突出的兩項：政企不分和龐大債務。”全國人大代表、中國工程院院士、中隧集團副總工王夢恕在兩會間隙接受《經濟參考報》記者采訪時說。
鐵道部財務報告顯示，截至2012年第三季度，鐵道部總資產43044億元，總負債為26607億元，資產負債率為61.81%。
全國人大代表、鐵道部部長盛光祖接受《經濟參考報》記者采訪時說，鐵路作為基礎性設施，社會經濟發展對其倚重性較大，適度提前發展鐵路支持經濟發展是必要的，這尤其體現在國家財政資金對公益性鐵路的投入上。
盡管并未回應最終改革方案，但對于鐵路建設的債務問題，盛光祖表示，按照規定，該企業償還的要企業來償還，該國家財政投入的就由國家財政投入，這是一個課題，需要認真研究如何處理。
“為了更有利于鐵路政企分開，鐵道部的負債有可能被國家拿走，以便于改革后成立的鐵路總公司能夠輕裝上陣。”消息人士告訴記者“鐵道部的債務就是國家債務，十幾年前國家曾把鐵道部的債務按照‘壞賬’進行處理。”發改委投資研究所研究員吳亞平在電話里對《經濟參考報》記者說。王夢恕表示，對于鐵道部的大量負債，如果將其立即轉化為國家債務，一方面中央政府難以承擔，另一方面，如果沒有人大審核通過，其在形式上也將不合法。
對于解決巨額的鐵路債務問題，王夢恕建議，可參考日本國鐵改革思路，成立一個鐵路建設和資產總公司，由它負責今后一段時間內國鐵系統相關基礎設施的投融資與建設，同時也負責相關資產管理和債務償還。鐵路建設與資產管理總公司承接一定時期內原鐵路部門在部省合資項目公司中的權屬，建成后的鐵路設施委托或轉讓給鐵路運輸總公司負責運營，該公司需要接受包括降息、停息等減負辦法的債務重組，但無權增加任何新的惡性債務，其建設能力將根據每年獲得的財政與其他投入和規范化的融資能力決定。
王夢恕表示，未來鐵路建設與資產管理總公司所承擔建設與債務償還的可能資金來源渠道，包括鐵路設施的轉讓與租賃收入相關資產的出售或處置收入、部分鐵路建設基金收入、相關資產的出售或者處置收入、部分鐵路建設基金收入、其他社會資金投入以及中央專項基金的投入等。當然，也可考慮將上述鐵路建設、投融資與相關資產管理及債務償還兩項職能分開，分別設立特殊機構負責。
發改委綜合運輸研究所研究員羅仁堅在接受《經濟參考報》記者采訪時說，可以嘗試將這部分債務轉成股份，由國家持有這部分股份，從而化解這部分債務壓力。另一方面，也可以由國家成立相關的投資或者資產管理公司來持有這部分債務，將債務打包、分解出售，實現資產證券化。“即使這些無法馬上實現，也可以將這部分債務先‘掛賬’，由此產生的財務費用和利息等通過合理方案解決，等待形成好的解決方案。”羅仁堅說。
對于鐵道部的債務處理業內也有不同意見“這次改革再按照原來的處理方式不太可能，四大國有銀行已經轉變成商業銀行，用‘壞賬’‘死賬’的方式處理鐵道部債務無法向投資者交代。”吳亞平說。
